Tobey übersiedelt als Sechzehnjähriger 1906 nach Chicago. Dort studiert er am Art Institute. Seine Berufslaufbahn beginnt er als Angestellter in einem Studio für Mode-Design 1908. Seit 1911 ist er in New York selbstständiger Modezeichner. In den folgenden Jahren beschäftigt sich Tobey intensiv mit den Schriften der arabischen Literatur und mit den Lehren der ostasiatischen Philosophie. Das führt dazu, dass er sich 1918 der Baha-`i-Glaubenslehre anschließt. Von 1922 bis 1925 ist er als Kunsterzieher in Seattle, von 1930 bis 1937 als Lehrer an der Dartington Hall School in Devonshire/ England tätig.
Reisen nehmen in Tobeys Leben einen wichtigen Platz ein. Der Künstler besucht 1925 zum ersten Mal Europa, wenig später Persien. Eine längere Reise führt Tobey in den dreißiger Jahren nach Shanghai und Japan. Hier beschäftigt er sich für einige Zeit in einem Zen-Kloster in Kyoto mit der Lehre und der Malerei des Zen und den Formen der Hai-Ku-Dichtung und der Kalligrafie. Tobey schafft 1938 eigene musikalische Kompositionen. Er verlässt im gleichen Jahr England und zieht zurück nach Seattle, wo er bis 1960 lebt. Im gleichen Jahr übersiedlung Tobey nach Basel, wo er bleibt.
Tobey entwickelt unter dem Einfluss der fernöstlichen Kunst seine berühmten "White Writings". Diese stellen ein Netzwerk kalligrafisch durchmodellierter feiner Zeichen dar. Die Anfangs noch leicht gegenständlich Arbeiten, werden aber zunehmend abstrakt und entsprechen so dem Ausdruck der meditativ-kontemplativen Lebenshaltung des Künstlers. 1944 findet die erste Einzelausstellung dieser Werke in der Willard Gallery, New York statt. Eine Einzelausstellung im Whitney Museum of American Art, New York, folgt 1951. Die Ausstellung wird zuvor in San Francisco, Seattle und Santa Barbara gezeigt. Tobey bringt diese Wanderausstellung den internationalen Durchbruch. Von nun an, ist er auf den wichtigen internationalen Ausstellungen vertreten, wie z.B. 1959 und 1964 auf der documenta in Kassel. Die Smithsonian Institution in Washington zeigt 1974 eine große Retrospektive. 1984 in der National Gallery of Art, Washington, 1989 im Museum Folkwang, Essen und 1990 in der Galerie Beyeler Basel, sind weitere posthume Einzelausstellungen zu sehen.